En 1785, algunos católicos prominentes residentes en los Estados Unidos, sobre todo el ministro español Diego de Gardoqui y los comerciantes Dominick Lynch y Thomas Stoughton, obtuvieron permiso del cabildo municipal para construir la primera iglesia católica de la ciudad, St.

[2]​ En 1800 se instaló en la parroquia la primera escuela católica de Nueva York.

Desde su fundación, se reserva un banco en el templo para el embajador o monarca de España.

Santa Isabel Ana Bayley, primera persona estadounidense en ser canonizada, se convirtió al catolicismo aquí.

La Cruz del World Trade Center yace temporalmente en el lado de la Calle Church.