A comienzos del siglo XV se abren tres capillas laterales, dos en el lado de la epístola y una en el lado del evangelio, dedicadas a San Juan Bautista, San Juan Evangelista y Santiago Apóstol.También se abre una gran puerta a los pies, que comunica directamente con el zaguán del convento.Las desavenencias entre las prioras y los párrocos hacen necesaria la construcción de otro templo para el uso conventual que se inicia en 1640.La nave se cubre con una bóveda de lunetos sobre arcos rebajados que reduce la altura y oculta la techumbre mudéjar.La imagen titular es un bello ejemplo de escultura barroca hecha por el escultor borjano Simón Lacasa en 1730.
