Las obras duraron cuatro años, siendo su maestro mayor y quien llevó la dirección de los trabajos el alarife Juan Agustín López Algarín.
Posteriormente, intervino también el prestigioso alarife Blas Díaz, a quien se le atribuye la construcción de la torre.
La nave está dividida en cuatro tramos separados por pilastras dóricas que flanquean vanos de medio punto de rosca moldurada que dan acceso a las diferentes capillas dispuestas en los muros laterales.
En su interior se encuentra un órgano realizado por el organero José García en 1793, y reformado en 1883 por Modesto Carrero.
Cubre el crucero una cúpula sobre pechinas, compuesta de tambor circular y casquete semiesférico.
Las pinturas son muestras destacadas de la producción del artista genovés Doménico Parodi, realizadas en 1728.
Su compleja estructura y elevado coste no permitieron iniciar su construcción hasta 1727.
y el relieve del ático, obra genovesa realizada en madera tallada, policromada y dorada de 2 x 2 m que representa rasgos estilísticos próximos a Francisco María Galeano.
En los paramentos laterales del presbiterio se abren vanos de comunicación con la sacristía, cuyo aspecto actual responde al diseño creado por Torcuato Benjumeda.
Están enmarcados por pilastras jónicas que sustentan un frontón partido donde aparecen los emblemas parroquiales.
Sobre las portadas se disponen tribunas cerradas con celosías rococó de los mismos autores.
Ante el retablo se sitúa la bóveda sepulcral del obispo Armengual, cuya lápida de mármol blanco presenta inscripción y escudo grabado.
El programa iconográfico contempla, en primer lugar, un Niño Jesús de madera policromada.
Está realizado en 1727 en talleres genoveses con mármoles de colores, descansa sobre un pilar conformado por grandes volutas.
Sufrió una importante reforma en el siglo XIX, afectando al enmarque de la hornacina y a su policromía.
La zona original corresponde a la hornacina y columnas corintias que la flanqueaban, cuyos fustes decoran guirnaldas.
El obispo Armengual quiso reforzar el culto a la Virgen del Pilar con la fundación de una archicofradía en 1730, a la que le concedió la Capilla del Pilar, cuyas obras de adaptación concluyeron en 1753.
El ático semicircular que lo remata tiene marco decorado por cabezas de ángeles y moldura cruciforme en su centro con grandes tarjas arriñonadas a los lados.
El banco contiene un pequeño lienzo de 1700 que representa al apóstol San Andrés.
Cierra la capilla una reja de madera torneada y tallada realizada hacia 1753.
Actualmente se ubican en esta capilla las imágenes de la cofradía del Descendimiento.
En 1765 se decidió otra disposición para la capilla que consistía en levantar una nave paralela a la del templo con acceso directo desde la calle y para dar un aspecto uniforme al conjunto de la Iglesia se pretendía configurar otra similar en el lado del Evangelio unificando las capillas que allí existían.
El proyecto se encargó al arquitecto Torcuato Cayón, pero su elevado coste motivó que tras varios años de trabajo las obras fueran suspendidas y se derribase lo ya construido para realizar la actual capilla.
A mediados del siglo XX esta estructura sufrió una reforma que eliminó el primitivo ático.
Ocupa el ático un lienzo de la Divina Pastora realizado por Antonio Pino.
La fachada principal, rematada por un agudo piñón, tiene un acusado ritmo vertical muy frecuente en la arquitectura bajo andaluza de la época.
Flanquean el conjunto dos pilastras lisas, cuya superficie es desbordada por los baquetones interiores.
Sobre una cornisa de movidas líneas se dispone el segundo cuerpo dispuesto con una hornacina central que alberga la imagen de mármol del santo titular, coronada por dos roleos colocados a modo de frontón partido entre los que se desarrollan dos remates decorativos que, aunque interpretados en forma dieciochesca, evocan motivos manieristas.
La portada lateral presenta un doble baquetón mixtilíneo en torno al vano, rematado por un pináculo.
En cada uno de los paños se disponen motivos alusivos al templo enmarcados por cenefas.