Tiene una forma de abanico más abierto ligeramente del lado oeste, hacia las Murallas.
El espacio renovado, contiene un recuerdo por las víctimas del atentado de la banda terrorista ETA en este lugar, con la siguiente inscripción:
Tras varios contratiempos, Francisco Gaspar Lafriguera culminó las obras hechas sobre el solar románico y la iglesia se consagró en 1725.
Entre otras cosas, se han limpiado las pilastras y adornos de estuco.
San Juan de los Panetes tiene una torre octogonal hecha con ladrillo, con una ligera inclinación hacia la Plaza del Pilar.
Sus bóvedas están decoradas a la manera barroca del siglo XVII, con forma de lunetos.
Un aro dorado circunscribe el finamente decorado crismón y un lazo entreteje sus brazos.
Las letras alfa y omega están talladas en posición ortodoxa mientras que la grafía «P» lleva inscrita una tilde.