No obstante, la mayor transformación que sufrió la primitiva iglesia fue con las obras ejecutadas entre 1853 y 1860, por el obispo Juan Nepomuceno Castellana, adquiriendo entonces su actual impronta neoclásica.El templo se estructura con tres naves de seis tramos, separadas mediante arcos formeros de medio punto, que descansan en pilares en cuyos frentes se adosan pilastras cajeadas.Estas pilastras en la nave central aparecen dobladas y se elevan hasta el entablamento superior.La nave central, más alta y ancha que las laterales, cubre cinco de sus seis tramos con bóveda de medio cañón, con lunetos y arcos fajones que apoyan sobre un sencillo entablamento, dicha cubierta oculta la antigua armadura mudéjar.El presbiterio tiene planta rectangular y testero plano, se encuentra a nivel más alto que las tres naves, y ocupa hasta el tramo sexto de la nave central.Está cubierto con bóveda semiesférica, a modo de crucero, que descansa en sencillas pechinas.A los pies de la nave central se encuentra un cancel realizado en madera entre 1801 y 1900.El remate o techado tiene forma ondulada y el friso se decora con motivos vegetales estilizados.El movido entablamento rodea todo este ámbito, que alterna con ventanas y cuadros enmarcados bajo saliente cornisa denticulada.El conjunto está flanqueado por pilastras corintias, colgaduras sobre ménsulas aveneradas y sinuosas molduras.De la misma cronología y características que la puerta anterior, otras dos puertas cierran los accesos del templo, abiertos en la nave del Evangelio en su tercer y quinto tramos.
La torre de la Iglesia de San Juan Bautista
Vistas desde el campanario de la Iglesia de San Juan Bautista
