La actual iglesia se empezó a construir en 1383, con un gran apoyo popular, y su construcción finalizó en el año 1410.

En el siglo XIX, la iglesia sufrió graves desperfectos como consecuencia de la inestable situación política que atravesaba el país.

Al finalizar la guerra, los miembros de la orden franciscana fueron expulsados del país por orden del rey Pedro IV, dado que durante la contienda habían apoyado a su adversario, el rey Miguel I.

En el espacio que en su día ocupaba el convento se construyó el actual Palacio de la Bolsa.

En la fachada principal se distingue un rosetón compartimentado en doce secciones por columnillas radiales unidas por arcos.

El siglo XVIII se añadió el portal-retablo del frontispicio de estilo barroco, tiene dos pisos, el primero flanqueado por columnas salomónicas geminadas y el segundo con una hornacina con la imagen de San Francisco flanqueada por columnas salomónicas y ménsula.

En la fachada posterior, encima del altar, hay otro pentagrama, enmarcado en un pequeño rosetón, delineado con tracería.

De la obra anterior, lo más destacable son las esculturas que realizó el escultor bracarense Manuel Carneiro Adão en 1719.

En la parte superior del árbol está José, bajo una imagen de la Virgen y el Niño.

En 1866, los enterramientos cesaron, con base en la Ley de Salud Pública del ministro Costa Cabral.