Al igual que la cercana Catedral, coetánea en su erección (si bien la seo burgalesa comenzó a levantarse unas décadas antes), sustituyó un templo románico más antiguo, el cual figuraba entre las once iglesias burgalesas citadas por el papa Alejandro III en una bula de 1163.La cabecera se cierra con triple ábside, que en el caso de la nave central es pentagonal.San Esteban es, de hecho, la única parroquia burgalesa que posee estas dos dependencias.Exteriormente monopoliza la atención la fachada principal, orientada al poniente, cuya monumentalidad acentúa una torre erigida sobre el tramo anterior de la nave.Bajo el rosetón y la balconada se abre la portada ojival, flanqueada por dos finos pináculos.En la parte superior, la representación del motivo arcaizante, al proceder directamente del arte Románico, de la Déesis, tema iconográfico que se repìte en la Puerta de la Coronería de la Catedral; aquí, Cristo juez aparece entronizado, bajo el Sol y la Luna, y ante él interceden la Virgen María, San Juan y dos ángeles.En su situación original, la cabecera, se muestra el Retablo Mayor, mueble de líneas neoclásicas de entre finales del siglo XVIII y principios del XIX, dorado y formado por dos cuerpos divididos en tres calles, más un ático con Calvario.El templo contiene notables obras funerarias de algunos personajes que escogieron aquí sepultura.En la parte anterior de la nave del Evangelio hay una pequeña capilla sepulcral, convertida después en baptisterio, cuyo frente muestra un alto gablete con cardinas, remate en cogollo y a los lados ángeles orantes y pináculos.Se trata de un monumento funerario tardogótico, con arco carpanel de trasdós conopial que cobija el bulto yacente del caballero, el cual descansa con armadura sobre un lecho adornado con un frontal blasonado.Realizado en el siglo XIV, tiene forma trapezoidal y se alza sobre anchos arcos de medio punto que descargan en gruesos contrafuertes intermedios.
Portada principal.
Portada septentrional
Coro alto.
Aspecto de la nave principal y retablo mayor.
Sepulcro renacentista de los mercaderes Juan García de Castro y su esposa Mari Díez de Carrión.