La iglesia que hoy contemplamos plantea numerosos interrogantes no solo por la falta de documentación al respecto sino por las diferencias estilísticas observables en el edificio, que no obstante es un conjunto armonioso.
[1] La iniciativa o mecenazgo del obispo Vargas Carvajal queda patente ya que sus armas heráldicas aparecen en los contrafuertes del ábside, en los medallones de la bóveda de la Capilla Mayor, en las portadas norte y sur, en el esquinazo SO.
La conclusión es clara: la iglesia no se construyó en una sola época, la del pontificado de Vargas y Carvajal por más que solo aparezcan en ella los blasones de este obispo.
Por todos estos datos se puede afirmar que la iglesia no quedó totalmente terminada hasta comienzos del siglo XVII.
En 1789 se realiza la ventana de la Capilla Mayor, a base de ampliar la muy pequeña que había y que por su poca luz debía dar a este lugar un aspecto un tanto tenebroso.
En esta iglesia se observan dos proyectos diferentes y por lo tanto de dos autores distintos: Un primero proyecto corresponde a la capilla mayor que no sólo abarca el ábside sino un espacio cuadrado correspondiente a la nave.
Por sus características parece obra de la mitad del siglo XVI, y su autor ciertamente anónimo, manifiesta una concepción arquitectónica más bien conservadora.
No obstante cabe la duda de que él mismo culminara su propio proyecto en Navalmoral, tras la muerte del obispo Vargas Carvajal (a.1569).
Un retablo como el de San Andrés, aparte de ser un conjunto notable que forma toda una unidad, es un pequeño museo por los elementos arquitectónicos, escultóricos y pictóricos que lo integran.
En el centro del cuerpo superior estaba otro cuadro, representando al apóstol San Andrés, rematado en semicírculo, cuadro que se conserva en la sacristía, tan retocado que ha perdido su carácter original.
Las que se conservan íntegras son doce tabla apaisadas con temas iconográficos de santos emparejados y representados en busto.
Pero la pintura está tan ennegrecida que hace muy difícil la identificación de los personajes representados.
El órgano es un instrumento musical comparable a toda una orquesta por la riqueza de su sonido.
El órgano moralo consta de 54 teclas y sus 16 registros son: Octava Nasarda, Orlos, Lleno, Clarín de bajos, Quincena, Décimo-novena, Bajoncillo, Tremolo, Quincena nasarda, Flautado violón, Flauta principal, Trompeta 1.ª, Trompeta 2.ª, Trompeta-eco, Trompeta-magna y Cornetas.
El órgano moralo ha tenido a lo largo de los años diversas restauraciones y afinaciones.
Pero la restauración no se hizo hasta 1843, según consta en una inscripción que hay en el mismo órgano.
Pero hoy está necesitando una reparación a fondo para poder gozar de todos sus valores musicales.