Una primitiva iglesia de Sant'Alessandro in Zebedia había sido construida en el siglo IX por la orden Barnabita, utilizando las ruinas romanas del edificio del Pretorium, donde se cree que había estado encarcelado el mártir san Alessandro.

Su reconstrucción por la orden de los barnabitas empezó en 1601, todavía en época tardorrenacentista por el arquitecto Lorenzo Binago y Francesco Maria Richini.

La construcción fue muy rápida, tanto que la cúpula ya estaba terminada en 1626.

Fue terminada por Richino en 1658, mientras continuaban los trabajos de decoración interior.

La edificación está formada por un edificio principal, con planta de cruz griega, coronado por una cúpula central.