Al igual que en el templo de San Francisco, destacan el artesonado mudéjar, en especial el del techo de la capilla mayor, con claras influencias del arte islámico que se desarrolló en la península ibérica durante la Edad Media.

Por esta nave, se accede a la Sacristía, y en ella únicamente encontramos una capilla lateral.

Presenta al Santo de pie, vestido con hábito franciscano que cae en pliegues verticales, con la mano derecha sobre el pecho y la izquierda abrazando la cruz.

Retablo barroco realizado en la primera mitad de siglo XVIII, madera tallada, dorada y policromada.

Retablo barroco realizado en la primera mitad del siglo XVIII, en madera dorada y policromada.

Se compone de un cuerpo superior formado por un dosel tallado del que cuelgan elementos frutales dorados.

En el suelo hay una lápida en la que se representa una carabela con dos tibias cruzadas y un ave portando una filacteria.

En la lápida se encuentra la siguiente inscripción:«ESTA CAPILLA Y ENTIERRO/ES DE VISENTE GONZALEZ/ROMERO YD LEONOR BE/CERRA SU MVGER.

Encontramos en ella un magnífico retablo del siglo XVII, de tres calles, separadas entre sí por columnas salomónicas.

Ante el retablo se alza la primitiva pila bautismal, abalaustrada, de mármol gris oscuro, realizada en el siglo XVII.

En la clave del arco fajón de la cabecera se encuentra una cartela con un pelícano, clara alusión eucarística, así como a los pies del recinto, en el interior de otra cartela, aparece un cáliz y la Sagrada Forma.

Presenta en un plano anterior un amplio arco de triunfo de medio punto cuya embocadura está formada por sendas pilastras laterales que sostienen el arranque del arco y entablamento superior rematado con crestería.

Destaca su cuerpo avanzado y achaflanado, que forma un templete cubierto con frontón partido.

Todas las escenas pasionistas y dolorosas del retablo están talladas en relieves policromados.

En Ayamonte procesionan durante la Semana Santa diez hermandades, de las cuales tienen su sede en esta prroquia las siguientes: