La zona más antigua del templo se encuentra formando parte del muro de los pies, a juzgar por la portada gótico-mudéjar conocida como la Puerta de las Limosnas, y la ventana que aparece sobre ésta, que podría remontarse al siglo XIV.

Relacionada con esta segunda fase está la labor del prestigioso arquitecto renacentista Hernán Ruiz II, datada en la década de 1560, y a quien se deben las dos portadas laterales, la Puerta del Sol al sur, y la Puerta de las Flores, al norte.

El presbiterio está ocupado por un retablo neoclásico de estuco imitando jaspes.

Fue esculpida por Benito de Hita y Castillo en 1768 para la orden tercera servita fundada ese mismo año.

En el banco del retablo se abre una urna para acoger al Cristo yacente.

[3]​ La nave de la Epístola cuenta con un retablo dedicado a la Virgen del Rosario, que además de su titular cuenta con una Santa Ana y un Cristo crucificado del siglo XVI.

Destacan en él las tallas de la Purísima y San Juan Bautista, este último del siglo XVI.