La abadía fue quemada dos veces en ese mismo siglo: primero por los tártaros en 1241 y posteriormente, por los ejércitos del rey Otakar II de Bohemia.
En 1631 los jesuitas obtuvieron este terreno y luego un tiempo reconstruyeron la iglesia, sin embargo en 1683 los turcos volvieron a quemarla.
El terreno fue obtenido por la familia noble Zichy, quienes donaron la iglesia a la aldea y en 1830 Lébény se convirtió en la iglesia de la parroquia local.
Sin embargo en 1841 la iglesia volvió a ser presa del fuego y tras su reconstrucción, sus torres fueron provistas entonces con cascos barrocos.
La iglesia de Lébény fue entonces el primer monumento restaurado enteramente en el país en la época moderna.