Se construyó a mediados del siglo XVII y fue restaurada en el año 2010.

«Guañacagua» viene del aimara wañaq’awa, que significa «quebrada seca».

[4]​ Sin embargo, el templo ha sido intervenido y reconstruido múltiples veces a lo largo de su historia.

En la primera década del siglo XX la iglesia fue reconstruida, según consta en las inscripciones de los muros frontales.

[3]​ El atrio del templo es donde la comunidad se reúne para celebrar procesiones y liturgias.

[5]​ La intervención realizada en 2010 buscó mantener la estabilidad del edificio, por medio de elementos y materiales originales: piedra canteada de origen volcánico para las paredes y paja brava para la techumbre.