La Iglesia metodista libre en Brasil se inició por medio del misionero Massayoshi "Daniel" Nishizumi, japonés nacido en Osaka en 1900 y que en 1923 fue acogido por una familia de misioneros estadounidenses, los Milikan, que lo criaron como a un hijo, llamándolo Daniel.
Posteriormente, leyendo un artículo que hablaba sobre la emigración japonesa a Brasil, se sintió llamado para evangelizarlos.
De esta manera se plantó la semilla que más tarde germinaría en suelo brasileño y encontraría crecimiento no solamente entre los japoneses y sus descendientes hasta los días actuales, sino también entre los brasileños.
El Concilio General Brasileño tiene 7.347 miembros; 116 pastores; 35 candidatos al ministerio; 79 iglesias locales; 7 campos misionales; 15 congregaciones y 17 puntos de predicación en 13 estados brasileños (São Paulo, Río de Janeiro, Minas Gerais, Espírito Santo, Estado de Bahía, Pernambuco, Paraíba, Ceará, Mato Groso, Mato Grueso del Sur, Goiás, Sergipe, Estado de Paraná y Santa Catarina) más el Distrito Federal.
Juntas, las dos alas mantienen la Facultad de Teología Metodista Libre, ubicada en la calle Pirapitingui, 165 - Libertad, São Paulo (SP).