La evidencia lingüística y arqueológica sugiere que los timucuas habrían estado asentados en la zona desde al menos el 2000 a. C..
Este religioso vivió entre los timucua durante 31 años y escribió muchos catecismos español-timucua, así como una gramática de la lengua.
En 1763, los pocos timucua supervivientes fueron trasladados a Cuba, cerca de La Habana, la lengua no sobrevivió más allá del siglo XVIII.
El padre Pareja nombra en sus obras nueve o diez dialectos cada uno hablado por una o más tribus timucuas en el noreste de Florida y el sureste de Georgia: No se ha probado ningún parentesco filogenético entre timucua y ninguna otra lengua de América del Norte, ni tampoco existen demasiado préstamos léxicos entre el timucua y otras lenguas.
Más recientemente, el lingüista Julian Granberry ha propuesto cierta evidencia en favor del parentesco con el warao, una lengua aislada de Venezuela.