Corre en dirección noroeste por el llamado Valle del Ibaizábal y atraviesa el Duranguesado.Las reformas del saneamiento han mejorado mucho la calidad de sus aguas.Por lo que ocupa la zona centro-sur del territorio vizcaíno, aunque en su parte alta hay una pequeña aparte perteneciente al municipio alavés de Aramayona.En el tramo medio el Ibaizábal recibe al río Arratia, que recoge las aguas de la vertiente norte del monte Gorbea y es su afluente principal.Este río cruza Mañaria, Izurza y Durango donde se une a la corriente principal.El río Ibaizábal es frecuentemente considerado el principal afluente del Nervión (por la derecha).