[5]​[6]​ Estas mismas esporas han sido encontradas en multitud de yacimientos a lo largo del mundo y, desconociéndose el organismo que las producía, fueron nombradas como Emphanisporites decoratus.

Estos tejidos por poseer casi exclusivamente células parenquimáticas apenas lignificadas son poco susceptibles de fosilizarse.

[7]​ En su unión al sustrato Horneophyton lignieri poseía un rizoma, o tallo subterráneo, globuloso con multitud de rizoides.

Este rizoma no poseía el sistema de vasos traqueidales del tallo aéreo sino un tejido compuesto por células parenquimáticas indiferenciadas apreciándose claramente en los fósiles la transición entre uno y otro.

Por otra parte estas hifas no son apreciables en todos los restos y cabe la posibilidad de que un hongo saprobio llegara a los restos con posterioridad a la muerte del individuo o que se tratara de hongos parásitos.