Entre sus compañeros se encontraban Amancio L. Alcorta, Rómulo S. Naón, Eduardo U. Zimmermann, Juan M. de la Serna, Francisco I. Oribe y Alfredo Gaviña.

De tal modo su nombre figuró entre los candidatos a diputados nacionales en las elecciones de 1910, sin lograr el triunfo, junto a otras figuras conocidas como Luis María Drago, Santiago O'Farrell y Carlos F. Melo.

A su vez, publicó una serie de notas en La Nación proponiendo el voto secreto y obligatorio.

El nombre de Pueyrredón obtuvo 13.208 votos, aunque sin alcanzar a consagrarse ante el triunfo contundente del radicalismo.

Todavía participando de las filas cívicas, Pueyrredón pidió que su partido apoyara la candidatura de Hipólito Yrigoyen a la presidencia, diciendo: "Pienso con un grupo de correligionarios que los cívicos debemos nuestro apoyo desinteresado al Partido Radical que por distintos caminos persiguió siempre nuestros mismos ideales, combatiendo como nosotros los oficialismos malsanos.

Se desató una ola represiva contra los radicales, y Pueyrredon fue conminado a salir del país.

Continuó desplegando gran actividad en política y se lo consideró un fiel representante de las tendencias yrigoyenistas.

[2]​ En 1935, el radicalismo salió de la abstención electoral en la que se encontraba y comenzó a participar nuevamente en elecciones.

Las últimas palabras que pronunció fueron: "El mundo se incendia!…Mañana realidad!…Por favor, no me dejen ir!…".

Se retiró de los puestos, cuando más lo necesitábamos en homenaje a su concepto sobre la amistad y hubo quienes supieron aprovechar de esa virtud del doctor Pueyrredon para ocupar puestos que no merecían y que a mal camino conducía.