Sin embargo, no fue hasta 1853, con la llegada del comodoro Matthew Perry, tras la Convención de Kanagawa que daba por concluida la política exterior japonesa de aislamiento, que las familias judías comenzaron a asentarse a Japón.
La comunidad se trasladaría más adelante a Kobe después del gran terremoto de Kantō en 1923.
El asentamiento crecería y seguiría activo hasta que declinó eventualmente por la guerra ruso-japonesa a principios del siglo XX.
Aunque se hicieron esfuerzos para atraer inversiones e inmigrantes judíos, el plan estuvo limitado por el deseo gubernamental de no interferir con su alianza con la Alemania Nazi.
Al final se dejó la fundación de asentamientos judíos al arbitrio de la comunidad judía internacional, y el plan fracasó por no haber conseguido atraer a una población estable a largo plazo y por no haber conseguido crear los beneficios estratégicos que esperaba el gobierno.
Irónicamente, durante la Segunda Guerra Mundial, Japón fue considerado como un refugio seguro del Holocausto, a pesar de formar parte del Eje y ser un aliado de Alemania, quien perseguía a los judíos.
Una famosa institución judía ortodoxa que fue salvada de este modo fue la yeshivá ultraortodoxa Mir.
Después de la Segunda Guerra Mundial, había muy pocos judíos en Japón, la mayoría emigraron a Israel.
Los que permanecían en el país nipón estaban totalmente integrados y asimilados en la sociedad japonesa.
Algunos judíos procedentes de otros países se encuentran en Japón temporalmente por negocios, estudios, turismo e investigación.