En ese momento, los comerciantes judíos (tanto sefardíes como asquenazíes) llegaron a Bolivia, la mayoría de ellos tomando las mujeres locales como esposas y familias fundadoras que se fusionaron en la corriente principal de la sociedad católica.

Esto era a menudo el caso en las regiones orientales de Santa Cruz, Tarija, Beni y Pando, donde estos comerciantes llegaron ya sea desde Brasil o Argentina.

[cita requerida] En 1917, se estimaba que había sólo entre 20 y 25 judíos practicantes viviendo en el país.

[3]​ Pese a esto, los que se quedaron han asentado sus comunidades en La Paz, Cochabamba, Oruro, Santa Cruz, Sucre (Chuquisaca), Tarija y Potosí.

[6]​ La presencia judía en Bolivia data de la conquista española en el inicio del periodo colonial.

Por este motivo, la mayoría de estas familias de origen judío converso también se mudaron a Santa Cruz, ya que esta población era el asentamiento más remoto y aislado, y porque la Inquisición no acosó a los conversos de Santa Cruz,[9]​ Durante el siglo XX se incrementó el flujo de inmigración judía en Bolivia, en gran medida debido al auge del nazismo y sus políticas discriminatorias hacia varios grupos étnicos y religiosos que habitaban Alemania y sus territorios ocupados, siendo los judíos el principal blanco de estas políticas.

Asimismo, el gobierno boliviano canceló un acuerdo establecido en 1972 el cual permitía a ciudadanos israelíes visitar el país andino sin necesidad de portar visa.

[12]​ A 2015 se estima que la comunidad judía de Bolivia decreció paulatinamente y carece de juventud, ya que, «terminan el secundario, se van a universidades en el exterior -sobre todo, Argentina, Brasil, Estados Unidos e Israel- y ya no retornan.

En 2023, debido al aumento de tensiones por el conflicto israelí-palestino, Bolivia rompe nuevamente toda relación diplomática con Israel.