Imaishi es también conocido por sus escenas "manga" en Kare Kano y FLCL.
Su debut como director de anime televisivo fue en Tengen Toppa Gurren Lagann (2007).
[1] El anime recibió el Premio Excellence en el Japan Media Arts Festival de 2007,[2] y el propio Imaishi recibió un premio individual en el Festival de Animation Kobe.
[4] Su último trabajo como director en Gainax fue , en 2010, el anime Panty & Stocking with Garterbelt.
En 2011, Imaishi dejó Gainax para formar un nuevo estudio, Trigger, junto con Masahiko Ohtsuka y otros.