Es célebre su conflicto con el estadounidense Jonathan Mann, Director de lucha contra el VIH/sida, debido a que al asumir Nakajima; destinó todos los fondos a erradicar la polio y desmanteló la costosa investigación que llevaba Mann.

Para Nakajima la Poliomielitis había causado demasiado daño y debía ser erradicada al contar con una cura, aun descuidando la nueva y desconocida enfermedad que solo parecía afectar a personas con conductas riesgosas.

Durante la campaña para su reelección, Estados Unidos acusó que Japón compraba votos a los países en desarrollo y Japón expresó que su par americano llevaba a cabo una campaña sistemática de desinformación.

Nakajima es recordado como el hombre que se decidió a erradicar la polio y luchó contra el Occidente por financiamiento para su objetivo.

Su enemistad con Mann se debió a las diferencias ideológicas y presupuestarias de ambos médicos, el estadounidense renunció a la OMS en 1990, murió pocos años después y hoy es recordado como un comprometido líder contra el VIH/Sida.