Nació en Hamburgo, y pasó allí la mayor parte de su vida Realizó sus primeros estudios de órgano con su padre (Jacob Praetorius, el mayor (1520-1586), también compositor), para luego trasladarse a Colonia para continuar sus estudios.
En ese mismo año nació su hijo, Jacob, quien también se dedicaría a la música.
Praetorius escribió misas, diez arreglos del Magnificat, y numerosos motetes , la mayoría en latín.
Casi toda su música sigue los lineamientos del estilo policoral veneciano, que utiliza numerosas voces divididas en varios grupos.
Sus composiciones son las primeras en este estilo del norte de Alemania.