Hibridación genómica comparativa
[4][5] Esta técnica mejorada permite descubrir la etiología de condiciones conocidas y desconocidas.
Además, la interpretación de bandas giemsa suele ser ambiguo y por lo tanto su fiabilidad es baja, estas técnicas requieren bastante mano de obra lo que limita los loci a examinar.
[7] Inicialmente, el uso generalizado de la tecnología CGH fue complicado, ya que los protocolos no estaban estandarizados y por lo tanto surgieron inconsistencias, sobre todo debido a las incertidumbres en la interpretación de los datos.
[10] El arreglo de CGH es automático y permite una mayor resolución (hasta 100 kb) que CGH tradicional ya que las sondas son más pequeñas y así se pueden dirigir a regiones cromosómicas específicas si es necesario, por lo tanto el análisis es más rápido y mucho más adaptable a su uso en el diagnóstico.
[10][11] El ADN en la lámina es una muestra de referencia, y se obtiene de un hombre o una mujer cariotípicamente normal, aunque es preferente utilizar ADN femenino, ya que posee dos cromosomas X los cuales contienen más información genética que el cromosoma masculino Y.
Después, las láminas deben secarse con aire durante la noche a temperatura ambiente, y cualquier almacenamiento necesario se debe hacer en grupos de cuatro a -20 °C, ya sea con perlas de sílice o con nitrógeno, para así lograr mantenerlas secas.
[2] Se utiliza Nick translation (implementado por la ADN polimerasa I) para marcar el ADN, esto implica cortarlo y subcortar los nucleótidos marcados con fluoróforos (marcaje directo) o biotina para tener anticuerpos con fluoróforos conjugados que son agregados después (marcaje indirecto).
[2] La desnaturalización de la lámina y las sondas se llevan a cabo por separado.
El microscopio debe proporcionar una iluminación uniforme sin variación cromática, ajustarse adecuadamente, tener un tipo de "plan" del objetivo que sea acromático y dar una magnificación de x63 o x100.
Técnicas como FISH, PCR y citometría de flujo pueden emplearse para confirmar los resultados.
Esto permite la detección de anormalidades con más detalle y además hace que sea posible mapear los cambios directamente sobre la secuencia genómica.
[15] Este método permite identificar nuevos cambios cromosómicos recurrentes como microdeleciones y duplicaciones en condiciones humanas tales como cáncer y defectos de nacimiento debido a anormalidades cromosómicas La matriz de CGH se basa en el mismo principio que el CGH convencional.
Si existe una alteración de la proporción Cy3:Cy5 indica que existe una pérdida o ganancia del ADN del paciente en esa región genómica específica,[17] es decir, en el caso de que el ADN contenga una duplicación se observará con mayor proporción el color verde y si hay una deleción habrá una menor proporción de sonda y se predominará el color rojo.
Estas matrices actualmente producen una alta resolución espacial, pero el número de los ADNc se limita por los genes que están codificados en los cromosomas, y su sensibilidad es baja debido a la hibridación cruzada.
[13] Esto da como resultado la incapacidad para detectar cambios de una sola copia a gran escala genómica.
Los arreglos de todo el genoma humano están diseñados para cubrirlo por completo.
[16] Los arreglos dirigidos están diseñados para una región específica (s) del genoma con el fin de evaluar que un segmento objetivo.
El CGH convencional se ha utilizado principalmente para la identificación de regiones cromosómicas que se pierden o ganan recurrentemente en los tumores, así como para el diagnóstico y pronóstico del cáncer.
[21] Este enfoque también puede ser usado para estudiar las anormalidades cromosómicas en los genomas fetales y neonatales.
Además, se ha demostrado que el CGH convencional es eficaz en el diagnóstico de anomalías complejas asociados con trastornos genéticos humanos.
[25] Varios estudios han demostrado que el CGH convencional es adecuado para detectar esta eliminación, así como alteraciones cromosómicas más complejas.
La diferenciación entre lesiones metastásicas y suaves también es posible mediante FISH una vez que las anomalías fueron detectadas por el arreglo de CGH.
El síndrome de Prader-Willi (SPW) es una anomalía estructural paterna que implica a la región cromosomica 15q11-13, mientras que una aberración materna en la misma región causa el síndrome de Angelman (AS).
[29] Por lo tanto, el arreglo de CGH demostró ser un método específico y sensible para detectar aberraciones submicroscópicas.
Además, aunque es capaz de detectar deleciones y duplicaciones, no es capaz de identificar dónde y ni tampoco puede detectar translocaciones o inversiones balanceadas.
El CGH puede detectar también únicamente las ganancias y las pérdidas relativas al nivel de ploidía.
Además, la resolución del CGH convencional es un importante problema práctico que limita sus aplicaciones clínicas.
La resolución estándar varía entre 1 y 5 Mb, pero se puede aumentar hasta aproximadamente 40 kb porque complementa la matriz con clones adicionales.
Sin embargo, como en el CGH convencional, la principal desventaja es su incapacidad para detectar aberraciones que no den lugar a cambios en el número de copias y está limitado en su capacidad para detectar mosaicismo.
Sin embargo, la preparación matriz todavía tiene que ser realizada por los propios investigadores.
