Tiempo después, el general Antonio López de Santa Anna decretó el establecimiento de una Escuela Naval en la Isla del Carmen, Campeche, y en 1857, por orden del presidente Ignacio Comonfort, se establecieron dos colegios navales: uno en San Juan de Ulúa, Veracruz, y el otro en Mazatlán, Sinaloa.Sus instalaciones, junto con el buque escuela Zaragoza ―para la instrucción en altamar―, fueron parte fundamental para el desarrollo de la educación naval.Se le ha denominado Heroica al habérselo ganado con creces cuando sus oficiales y cadetes se defendieron en 1914 de la ocupación militar de Veracruz por fuerzas estadounidenses.Después de estos acontecimientos la vida del plantel fue suspendida temporalmente, pues la escuela quedó destruida.Durante la reconstrucción, los cadetes continuaron sus estudios en el Colegio Militar, en la Ciudad de México.
