Es durante esta época cuando funda el puesto militar de Luluabourg.

De 1886 a 1887 atravesó África desde el río Congo hasta la desembocadura del Zambeze.

Wissmann fue promovido al rango de mayor en 1890 y se le dio la bienvenida como un héroe a su regreso a Alemania.

[1]​ En 1891 fue nombrado comisionado para la región oriental de África Oriental Alemana y se convirtió en gobernador en 1895.

La mala salud le obligó a regresar a Alemania en 1896, donde escribió varios libros y dio conferencias por todo el país.