Los hentaigana se podían utilizar más o menos indistintamente con los hiragana equivalentes hasta 1900, año en que se estandarizó el silabario hiragana de tal forma que sólo un carácter representase una mora.
La "n silábica" del hiragana (ん) proviene de un hentaigana que representaba /mu/.
Por ejemplo, muchas tiendas de soba utilizan hentaigana para escribir kisoba en los letreros.
Además, los hentaigana se utilizan a veces en las reproducciones de textos clásicos japoneses.
Sin embargo, la mayoría de la población japonesa no sabe leer hentaigana y sólo puede reconocer unos pocos caracteres debido a su uso común en los letreros o por el contexto.