La historia comienza durante la Segunda Guerra Mundial, cuando Hellboy (Ron Perlman) fue creado por Grigori Rasputín (Karel Roden) para hacer el mal.

Dicho aparato sirve para traer destrucción sobre la Tierra, despertando a los Ogdru Jahad ("Los Siete Dioses del Caos"), entidades monstruosas que fueron encarceladas al principio de los tiempos y que están dormidas desde tiempos inmemoriales.

Sin embargo, Estados Unidos ha enviado sus propias fuerzas, junto con un joven doctor, el profesor Trevor Bruttenholm, quién está bien preparado en lo que se refiere a la magia y hechicería.

Aunque está ligeramente herido, Bruttenholm pide que los soldados mantengan una guardia alrededor del área por si algo pudo pasar por el portal con éxito durante el tiempo que Rasputín lo sostuvo abierto.

Después, esa mañana, los soldados toman a la criatura como su mascota oficial y lo apodan Hellboy.