Heinrich Kiepert nació en Berlín, hijo de un importante hombre de negocios.
Ya en la juventud se interesó durante los viajes que realizaba con sus padres en aspectos geográficos.
Al círculo de amigos de su familia pertenecieron personalidades como el historiador Leopold von Ranke, que recomendó a los padres fomentar el talento natural del joven Heinrich.
August Meineke fue profesor de Kiepert, quien despertó en él un gran interés hacia la antigüedad.
Su hijo Richard continuó en parte con los trabajos inacabados de su padre.