Nació en Lucerna, Suiza, el 12 de agosto de 1905, sus estudios básicos los realizó en la escuela jesuita Stella Matutina y sus estudios previos a la educación superior en el Gymnasium de los benedictinos en Engelberg, Suiza, solamente por cuatro años, y terminó dos años y medio más en Feldkirch, Austria, nuevamente con los jesuitas.
En 1928, tras concluir sus estudios de literatura alemana con la tesis "La historia del problema escatológico en la moderna literatura alemana" (Die Geschichte des eschatologischen Problems in der modern deutschen Literatür), ingresó en la Compañía de Jesús y se ordenó en 1936.
En 1948 funda junto con su colaboradora Adrienne von Speyr el Instituto secular, llamado "Comunidad San Juan".
Las autoridades religiosas le prohibieron dar clases debido a que sus ideas no encajaban en las formulaciones tradicionales del catolicismo.
Fue durante su primer año como capellán en Basilea cuando Balthasar conoce a la médica Adrienne Kaegi-von Speyr, mujer casada en segundas nupcias con Werner Kaegi, profesor universitario de historia.
Balthasar mismo ve la forma de su tarea en un orden jerárquico claro: «En el centro está la Comunidad San Juan.
Ahora bien, esta colaboración central con Adrienne, al inicio prevista dentro de la Compañía, paulatinamente se va manifestando incompatible con la pertenencia a su orden.
Para profundizar en el tema se puede leer la obra de Hans Urs von Balthasar ¿Quién es un cristiano?.
El poder económico, cultural, comunicativo y político para evangelizar, supone traicionar a la misión de la Iglesia.
Influencia y poder, por sus propias reglas internas, acaban siempre en prepotencia avasalladora o integrismo defensivo.
La sobreabundancia del Amor y su virtud difusiva a través de los que viven de él hace que no haya lugar para una sistemática sobre cuántos se salvarán y cuántos se condenarán.
En la dimensión del amor sin límites, la esperanza del creyente no consiste en salvarse él en solitario, la única esperanza que se le permite al cristiano es la salvación de todos los hombres.