Después de decidir no volver a postularse, se quedó en Washington, donde ejercía la abogacía.
Se mudó a Misisipi durante un año para enseñar en la escuela.
[2] Paine dirigió acciones generalizadas en el Bajo Misisipi, que lo llevaron a Luisiana.
También coordinó operaciones antiguerrilla en el sur de Luisiana y Misisipi.
Algunos asistentes esperaban fundar un nuevo partido político, pero esto no se llevó a cabo.
Se desempeñó como presidente del Comité de Milicias (Cuadragésimo Congreso) y del Comité de Elecciones (Cuadragésimo primer Congreso).
Después de servir en el Congreso, Paine ejerció la abogacía en Washington D.C, durante varios años, habiendo establecido su residencia allí.
Titulado A Wisconsin Yankee in Confederate Bayou Country: The Civil War Reminiscences of a Union General, la memoria se publicó por primera vez en 2009, en una edición anotada editada por el historiador Samuel C. Hyde, Jr.