Como entrenador, llevó al equipo a disputar la final de la temporada 1986-87, quedándose con el subcampeonato tras caer ante Guadalajara.

En tanto el Cruz Azul goleó por marcador de 7-1 al Zamora, el equipo de Poza Rica perdió su duelo 2-1 ante Orizaba, suficiente para que el campeonato y el ascenso se le diera a la causa celeste.

El domingo 2 de febrero de 1969 en León, Guanajuato, aseguraron con 43 puntos el superliderato y por ende el título al vencer 2-3 al León, lo que le permitió aventajar definitivamente por seis puntos al Guadalajara, que le siguió de cerca en el segundo lugar del campeonato, cuando aún faltaban dos fechas por disputarse.

[14]​ Pese a estar muy cerca de empatar en la vuelta, adelantándose con anotación de Fernando Bustos y generando varias ocasiones en los minutos finales del encuentro, no pudieron igualar el marcador y se quedaban sin el trofeo internacional con el 3-2 global.

[15]​[16]​ El 19 de mayo de 1974, tan solo once meses después, repetían en la final, ahora frente al Atlético Español y, pese a perder 2-1 en la ida, se quedaban con el título ganando 3-0 en la vuela, convirtiéndose en tricampeones del fútbol mexicano, marca solo lograda por el Guadalajara una década atrás.

Pulido tuvo que salir de cambio al minuto 7 por lesión, y en su lugar ingresó el paraguayo Juan Ramón Ocampos, que terminaría anotando un auténtico golazo para empatar el marcador al inicio de la parte complementaria.

Finalmente, al minuto 80 del encuentro, Cruz Azul anotaba el gol definitivo tras una jugada entre Alberto Gómez y Eladio Vera, obteniendo así su duodécimo y último título con el equipo celeste.

Finalizando en el cuarto sitio general, se veían las caras con el San Luis, Atlético Español y Universidad Nacional en la liguilla, no obstante, pese a hacer un buen buen papel, no les alcanzó para llegar a la final.

[22]​ Con el retiro, Pulido se preparó para ejercer como entrenador, ingresando, una vez obtenida su certificación, a las fuerzas inferiores del equipo de Cruz Azul.

En la ida caían con 2-0 en el marcador, mismo que lograron remontar en la vuelta con anotaciones de Agustín Manzo y Armando Romero.

Pero el destino les jugaría en contra en esos últimos dos juegos, pues el capitán Flores salía de cambio al minuto 81 y no podría disputar el partido de vuelta, donde, tras las rigoristas expulsiones de Edgardo Fuentes y Marco Antonio Mendizábal, el equipo se quedaría con 9 hombres en el campo y no tendría respuesta ante el 3-0 final.

Sin embargo, en la ronda final ante el Puebla, quedarían empatados a unos y el criterio del gol de visitante los dejaba nuevamente sin el título.

En tanto, en el plano internacional disputaban la Copa de Campeones 1988, donde nuevamente mostrarían un gran desempeño, disputando 4 partidos, con tres victorias y un empate, 23 goles a favor y 4 en contra, pero, con la eliminación del equipo en el torneo local, Héctor Pulido era prescindido del cargo el 11 de junio y ya no dirigiría al equipo en el resto de la competencia.

[27]​ Era prescindido del cargo, tan solo después de 9 partidos en la temporada siguiente, misma que marcó su último torneo como entrenador en Primera División.