Comenzó su carrera como guitarrista en Buenos Aires e hizo su debut en 1936 como acompañante de cantantes de tango y folclorista.
Más tarde, se unió a los Escuadrones de Guitarra, ensamble de integrado por 12 a 15 guitarras dirigidas por Abel Fleury.
Héctor Ayala compuso un número importante de obras para guitarra, incluyendo piezas inspiradas en la música argentina y de otros países latinoamericanos.
Su obra más recononocida es la Serie americana (Buenos Aires: Editorial Aromo, 1962), que consta de siete movimientos.
La editorial argentina Aromo publicó las siguientes piezas compuestas por Héctor Ayala: