Esta especie fue descrita originalmente en el año 2017 por los ictiólogos Jorge Rafael Casciotta, Adriana Edith Almirón, Lubomír Piálek y Oldřich Říčan.

[1]​ Etimológicamente, Gymnogeophagus se construye con palabras del idioma griego, donde gymnos es 'desnudo', gea es 'tierra' y phaegein es 'comer', debido a un tipo de estrategia trófica que poseen los integrantes del género.

[1]​ Al igual que Gymnogeophagus che (Casciotta, Gómez & Toresanni, 2000),[2]​ G. meridionalis (Reis & Malabarba, 1988),[3]​ G. rhabdotus (Hensel, 1870), G. terrapurpura Loureiro, Zarucki, Malabarba & González-Bergonzoni, 2016[4]​ y G. setequedas (Reis, Malabarba & Pavanelli, 1992), G. taroba pertenece al ‘‘grupo rhabdotus’’,[5]​ uno de los conjuntos monofiléticos o subdivisiones en que está seccionado el género Gymnogeophagus.

También posee la particularidad reproductiva de depositar sus huevos en sustrato, es decir que los incuban sobre una superficie (no en la boca como las especies del ‘‘grupo gymnogenys’’).

[6]​ Junto con G. che y G. setequedas, G. taroba pertenece a un subgrupo dentro del grupo anterior, el ‘‘grupo setequedas’’, el cual está fuertemente estructurado alopátricamente debido a la fragmentación y especiación causada por la formación de grandes cascadas en los afluentes del río Alto Paraná.