Se desempeñaba como lateral izquierdo y su último club fue São Bernardo.
En la temporada 2004-05 dio el salto a Europa para recalar en el Werder Bremen alemán.
El club había dado el visto bueno al desplazamiento de Nery, pero este, que no entró en la convocatoria prevista para la siguiente jornada, decidió adelantar el viaje a su país.
El Real Zaragoza anunció que no tomará ninguna decisión hasta escuchar al futbolista, aunque sí tiene ya decidido sancionarle tras su espantada.
Tras su salida del conjunto maño, Gustavo Nery jugó en Corinthians, Fluminense, Internacional y Santo André, y después de un tiempo inactivo, retomó en el São Bernardo Futebol Clube, plantel que integró seis meses hasta su retiro del fútbol profesional.