Waagen nació en Hamburgo, hijo de un pintor y sobrino del poeta Ludwig Tieck.

[1]​ Se dedicó al estudio del arte, que realizó en las grandes galerías europeas, primero en Alemania, después en los Países Bajos e Italia.

Un panfleto sobre los hermanos Van Eyck en 1832, lo llevó a su nombramiento como director del recién fundado Museo de Berlín (ahora ampliamente expandido al actual Museo Estatal) a pesar de que su interés principal eran las pinturas en el que ahora es el Gemäldegalerie, Berlín.

El resultado de un viaje a Londres y París fue una importante publicación en tres volúmenes, Kunstwerke und Künstler in England und Paris (Berlín, 1837-1839), el cual se convertiría en la base para su más importante obra Los Tesoros del Arte en Gran Bretaña, traducido por Elizabeth Eastlake, (4 vols, Londres, 1854 y 1857).

Estos trabajos todavía son una fuente clave para buscar la procedencia de pinturas entonces en Inglaterra.