Fabergé, un alemán del Báltico, nació en la ciudad de Pernau (ahora Pärnu) en Livonia (actual Estonia).

Su padre, el artesano Pierre Favry (más tarde Fabrier) se trasladó a la provincia báltica de Livonia, entonces parte del Imperio Ruso.

Pierre se había trasladado allí en 1800 desde la ciudad alemana de Schwedt.

Un segundo hijo, Agatón, nació a la pareja dos años más tarde.

Regresó a San Petersburgo y se casó con Augusta Julia Jacobs.