Su padre era católico, y estudió en el Seminario Escocés de Douai (Francia); desde allí pasó al de Roma en 1688 y al noviciado jesuita de San Andrés del Quirinal.
Estudió humanidades durante dos años y siete estudios mayores en el Colegio Romano; pasó su tercera probación o último año de formación (1700-1701) en Florencia; enseñó filosofía en Ascoli y fue superior del Seminario Escocés en Roma.
Clarke anduvo lo suficientemente sutil como para desvincularse y desentenderse en el delicado asunto del matrimonio del futuro Fernando VI con la portuguesa doña Bárbara de Braganza, y acompañó a los Reyes a Caya para el doble casamiento de éstos y de la infanta doña Mariana Victoria de Borbón con el príncipe heredero de Portugal, don José I.
Los anónimos le tildaban de “zoquete” y responsable de la melancolía del llamado Felipe V "el Animoso".
[3] Tras dieciséis años de no inmiscuirse en las intenciones de la reina, algo muy insólito en un cargo tan comprometido, Clarke falleció y lo sustituyó otro jesuita, el francés Jaime Antonio Fèvre.