La gobernación de Tomsk (en ruso: Томская губерния) era una división administrativa del Imperio ruso y de la R.S.F.S.
de Rusia, ubicada en Siberia occidental con capital en la ciudad de Tomsk.
Creada en 1804, la gobernación existió hasta 1925.
Al principio del siglo XX la gobernación de Tomsk estaba dividida en siete uyezds: Barnaúl, Bisk, Zmeinogorsk, Kainsk, Kuznetsk, Mariinsk y Tomsk.
En 1897 la población del gobierno era de 1 927 679 habitantes, de los cuales 86,0 % eran rusos, 5,2 % eran ucranianos, 4,9 % eran tártaros y altais y 1,3 % eran kazajos.