[2] Para competir en una división de la Asociación Paraguaya de Fútbol la Liga Guaireña no puede participar como selección, por lo que debió refundarse como club, por lo que se resolvió fundar Guaireña Fútbol Club.
[10] En enero del 2020 se produce el debut en la categoría de honor ante Nacional, fue un mal inicio, pues caía derrotado por 3 goles contra 0.
En su primer año en la máxima categoría del Fútbol Paraguayo, logró posicionarse en el sexto lugar de la Tabla Acumulativa y clasificó por primera vez a un torneo internacional organizado por la Conmebol, la Copa Sudamericana 2021.
Al año siguiente nuevamente participa en dicho certamen continental, logrando por primera vez sortear la primera ronda y meterse a fase de grupos en donde acabaría ocupando el segundo lugar, dos puntos por detrás del SC Internacional de Porto Alegre contra quien igualó ambos partidos 1 a 1.
El club ejerce su localía en el estadio Parque del Guairá, que tiene una capacidad para 15.000 personas.