Es internacional absoluto por la selección de Paraguay desde 2017.

[1]​ Aguilar comenzó su carrera en el Club Guaraní, donde debutó como profesional en 2009.

En la temporada 2009-10 fue cedido al KAS Eupen belga.

[2]​ Tras terminar su contrato con Guaraní, en julio de 2017 firmó contrato en el Cerro Porteño donde jugó cuatro temporadas.

[3]​ Fue titular en la campaña del Clausura 2017 que ganó el club.