Juega como delantero y su primer equipo fue Libertad.

En su país vistió también las camisetas de Presidente Hayes, Tacuary, Olimpia,[2]​ Nacional,[3]​ 12 de Octubre,[4]​ Guaraní,[5]​ Guaireña[6]​ y Nacional.

[11]​ Fue convocado por primera vez a su selección en 2009, en ocasión de un partido amistoso ante Chile.

En dicho partido, correspondiente a la fecha 9 de la clasificación rumbo a Brasil 2014, Núñez fue titular en la derrota 2-0 como visitante de Paraguay ante Colombia.

[13]​ En total, acumula dos goles con la camiseta albirroja: uno en un amistoso que Paraguay empató 3-3 con Alemania;[14]​[15]​ y otro en la derrota 5-2 ante Argentina por Eliminatorias.