La Gran Mancha Roja fue observada por primera vez por el científico inglés Robert Hooke en mayo de 1664.
Las imágenes obtenidas por el Observatorio Yerkes a finales del siglo XIX muestran una mancha encarnada alargada, ocupando el mismo rango de latitudes pero con el doble de extensión longitudinal.
La segunda mancha roja se formó a partir de la fusión de tres grandes óvalos blancos presentes en Júpiter desde la década de 1940 y fusionados en uno solo entre los años 1998 y 2000 dando lugar a un único óvalo blanco denominado «Óvalo Blanco BA», cuyo color evolucionó hacia los mismos tonos que la mancha roja a comienzos del 2006.
Medidas en el infrarrojo sugieren que ambas manchas están elevadas, por encima de las nubes principales.
La Gran Mancha Roja de Júpiter es una enorme tormenta ovalada ubicada en el hemisferio sur del planeta.