Akenatón construyó la ciudad a lo largo de la orilla este del río Nilo, estableciendo talleres, palacios, suburbios y templos.
El Gran Templo de Atón estaba ubicado justo al norte de la ciudad central, considerado como el más grande dedicado a Atón y el lugar donde Akenatón estableció plenamente el culto y la adoración propios del disco solar.
En algunos casos, la cuerda incluso se empujó hacia el piso de yeso, dejando una ranura poco profunda.
Este santuario pareció funcionar por sí solo durante algún tiempo hasta que unos años más tarde, cuando Akenatón agregó el Gem-pa-Atón (o Gema-Atón) en el lado oeste del recinto.
Con esta adición, la puerta ceremonial original tuvo que ser derribada y se construyó una calzada elevada sobre ella.
[4] En 1890, Flinders Petrie, con permiso del Servicio de Antigüedades Egipcias, comenzó a excavar el área.
[1] En el Gran Templo había dos estructuras principales, la Gem-pa-Atón y el santuario, que estaban separadas por unos 300 m.[8] Al entrar en el muro del recinto, uno se enfrentaba a la primera de estas estructuras, la Gem-pa-Atón, que era un edificio muy largo precedido por un patio llamado Per-Hai (Casa del Regocijo).
[9] Estas capillas, originalmente construidas para la reina Kiya, fueron luego ocupadas por las princesas mayores.
El cuarto patio tenía columnas y muchas cámaras amuebladas donde la gente podía descansar a la sombra.
El patio final tenía un Altar Mayor principal destinado a la pareja real, y estaba rodeado por 365 altares de adobe a cada lado, uno para cada día del año, divididos para representar el Alto y el Bajo Egipto.
[5] Tradicionalmente, la piedra benben era una representación de la isla creada por el dios sol Atón al comienzo del mundo.
También entre Gem-pa-Atón y el Santuario en el Gran Templo había un gran edificio cuadrado donde se sacrificaban y preparaban las ofrendas de carne, pero la excavación adicional del área es difícil debido a la presencia del cementerio moderno de Et-Till.
Este altar principal probablemente estaba destinado solo para la Familia Real, especialmente después de que Gem-pa-Atón fue construido y puesto en uso regular.
Este era un gran altar empotrado y probablemente era donde se hacían ofrendas de tierras extranjeras.
Mientras el rey y la reina oficiaban, los sacerdotes colocaban ofrendas en muchos de los otros altares para el público mientras se tocaba música.
Flinders Petrie fue la primera persona que trabajó en el templo, y su asistente, Howard Carter, excavó en el área del santuario.
Sin embargo, fue John Pendlebury quien en realidad trazó un mapa completo de esta área durante sus excavaciones en 1935.