El edificio que alberga al museo fue reconocido en 2013 el Premio Iberoamericano CIDI Obra Emblemática del Año 2013 en Arquitectura, Interiorismo, Diseño, Museografía, Iluminación y Edificación que otorga el Consejo Iberoamericano de Diseñadores de Interiores (CIDI).

El museo se encuentra ubicado a un costado del Centro de Convenciones Yucatán Siglo XXI en donde estuvo el complejo industrial Cordemex.

[6]​ El museo cuenta con cuatro salas de exposiciones permanentes y dos temporales.

La selección de piezas estuvo a cargo del museógrafo José Enrique Ortiz Lanz.

[8]​ La arquitectura está basada en el árbol de la Ceiba que es sagrado para la cosmovisión maya.