En la década de 1960, Grünenthal cobró notoriedad por la producción del medicamento teratógeno talidomida, que en un principio fue comercializado como un fármaco para las náuseas en el embarazo, bajo el nombre comercial Contergan.

[6]​[2]​[7]​ Posteriormente, la empresa fue rebautizada como Grünenthal GmbH y su sede se trasladó a Aquisgrán.

Las autoridades de ocupación aliadas habían prohibido a las empresas alemanas que produjesen penicilina y/o realizasen investigaciones sobre el citado fármaco.

Cuando se levantó la prohibición, Grünenthal fue la primera empresa que fabricó penicilina expresamente para el mercado alemán, en 1948.

Las inversiones en la producción de penicilina le reportaron a la compañía los beneficios que necesitaba para evitar la quiebra.

[21]​ Su insistencia en que el medicamento debía ser completamente analizado antes de su aprobación quedó dramáticamente justificada cuando sobrevino la catástrofe.

Paralelamente al "Proceso Contergan" en Alemania, los talidomídicos de Suecia, Reino Unido y otros estados demandaron a las compañías autorizadas por Grünenthal para comercializar la talidomida en sus respectivos países.

[24]​[25]​[26]​ La empresa se ha centrado en el tratamiento del dolor, e invierte activamente en i+D+i vinculada a esta rama de la Medicina.

Entre otros fármacos, Grünenthal ha desarrollado el analgésico opioide tramadol, que se comercializa bajo la marca Tramal y tiene un elevado volumen de ventas.

Aunque las autoridades polacas emitieron una orden de detención contra Mückter por sus crímenes, Estados Unidos rechazó la extradición del científico nazi a Polonia, lo cual le permitió eludir la cárcel.

En total, la talidomida permaneció oficialmente en venta en España entre 1960 y 1963, aunque las autoridades españolas no prohibieron su utilización hasta el año 1985.

Por añadidura, cabe destacar que dicho medicamento había sido retirado del mercado en todo el mundo en 1962, mientras que en España no lo fue de forma definitiva hasta mediados de los años 80, como ya se ha mencionado anteriormente.

Agotadas las vías judiciales en España, AVITE optó por llevar a Grünenthal al Tribunal Europeo de Derechos Humanos, el cual absolvió definitivamente a la empresa en 2017, al considerar también que su responsabilidad en los estragos provocados por la talidomida había prescrito.

Por añadidura, entre las tácticas de promoción del citado medicamento se contaban comparaciones intencionadamente engañosas con los precios de otros fármacos similares fabricados por la competencia, así como presiones a las autoridades sanitarias para agilizar la puesta en venta del producto tras su registro ante las autoridades competentes.