Gondwanatitan tenía fosas laterales vertebrales que se parecían a depresiones poco profundas.
Estas vértebras se parecen a las de Cedarosaurus, Venenosaurus y Aeolosaurus.
[5] Nombrado por el antiguo supercontinente de Gondwana que unió una vez los continentes meridionales modernos, Suramérica, África, Australia, Antártica y el Subcontinente Indio.
[3] Aunque su posición filogenética no está clara, este taxón no está estrechamente vinculado a los miembros de Saltasaurinae y se puede también distinguir de titanosaurianos más basales como Andesaurus y Malawisaurus.
Comparte por lo menos un carácter único con Aeolosaurus, una espina dorsal neural fuertemente dirigida hacia anterior en las caudales proximales y mediocaudales anteriores y pero más material de ambos taxones es necesario para confirmar una cercana relaciones entre ellos.