Goemon es un heroico ninja bandido cuyas acciones siempre están motivadas por una causa noble y su fuerte sentido de justicia.
Según los relatos, este bandido acabó siendo atrapado y condenado a morir quemado en una gigantesca olla de agua hirviendo.
Aunque aparenta ser despreocupado, tiene un gran sentido de justicia y sus fechorías están motivados por una causa noble, buscando siempre ayudar a los necesitados.
En los distintos juegos siempre se ha mantenido como un enemigo de los guardias, quienes comenzarán a perseguirlo en grandes números apenas lo ven infringiendo la ley.
El más conocido es su inseparable compañero, el gordo ninja Ebisumaru, encargado de aportar comedia al juego con su extraño comportamiento.
Estas secciones acaban en un duelo contra un enemigo gigante que está vista desde el interior de la cabina del piloto.