La historia comienza cuando Japón es sobrevolada por una nave espacial, los extraterrestres se hacen llamar los shogun del monte Melocotón, y capturan a la princesa de castillo Oedo.

Goemon y Ebisumaru van tras los extraterrestres para rescatar a la princesa.Por el camino se le unirán varios aliados, Sasuke el robot y la ninja Yae, además de un robot gigante llamado Impact, que acude a la llamada de Goemon cuando más lo necesita.

Para la siguiente mazmorra Ebisumaru debe obtener la magia para acceder por pasadizos y vencer al jefe del castillo de los fantasmas.

Lo siguiente es encontrar al kappa Keihachi que vive en Zazen town para obtener la magia de Sasuke.

Una vez conseguidos los cuatro ítems especiales Goemon y el resto deben viajar al espacio, donde se encuentran con Omitsu y Wiseman, que llegaron junto a una región que elevaron los shogun, en la mazmorra "Georgeus my stage" se libra la última batalla.