Cinco años más tarde fue el autor de la carta a los sacerdotes obreros en la que los obligaba a elegir entre la vida laboral y la vida sacerdotal.

Participó en el cónclave de 1958, que eligió a Juan XXIII.

Fue una figura clave en el encubrimiento a los crímenes de Marcial Maciel, censurando un memorando hecho por el reverendo Giovanni Battista Scapinelli en octubre de 1956 que notificaba sobre los abusos sexuales a seminaristas y su adicción a la morfina.

En 2012, víctimas de Maciel revelaron las diferentes versiones del memorando censurado donde se revela la intervención de Pizzardo para ocultar las denuncias.

[1]​ Con el Concilio Vaticano II sus posiciones serán superadas por Pablo VI, quien en 1965 dará su consentimiento a la experiencia de los sacerdotes obreros.